程越的命令送到中书后，真金高兴得手舞足蹈，马上就签章批准。中书省上下士气大振，一道道命令从中书省送出，上面都特别注明“中书令真金与中书左丞程越严令”的字样，被火速送到各衙门。
各衙门接到命令，不敢怠慢，全都紧急动员起来，衙门里面进行详查，外面到处是抓人的捕快和差役。
一个个大户人家被敲开大门，一个个纨绔子弟被戴上镣铐。大都豪强人人自危，对家人严加约束，百姓欢天喜地，纷纷鸣放鞭炮以示庆贺，以至于鞭炮的价格升了三倍！
因秃鲁麻被放出来的人又被抓走，大都的豪强当然要找喇嘛理论，但所有找到总制院的人都只能看到总制院紧闭的大门。任凭你随意敲打，里面只一句话——闭门思过，莫要多言！
中书省威势大涨，尚书省乐得在一旁看热闹。整治这些人是真金一直以来的愿望，却要靠程越才能达成，尽管如此，真金办起事来仍然浑身是劲，根本不用程越操心。
被抓的人自然要想办法脱身，于是无论是忽必烈的案头，还是朝中显贵的身边，求情请托的都络绎不绝。
忽必烈将接到的奏章一律留中不发，不闻不问。朝中显贵中，即使是阿术、安童等人也不敢到程越那里去求情，以免被程越训斥。
中书省派不忽木负责开始重审被再次抓起来的纨绔子弟。在宫中的默许和真金和程越的鼎力支持下。不忽木没受到多少阻挠，案子断得很顺利，将这些人全都重新下狱。博得百姓一片“青天”之声
李庭在大都城外几天内抓获外逃的喇嘛三百余名，因为总遇到反抗，先后打死一百多人，剩下的全都送进中书省大牢。
嘉木扬喇勒智和另外几个活佛的家被抄没，搜出的金银财物比嘉勒斡巴勒还要多几倍，程越将这些钱送进中书，让不忽木负责。用于对受到喇嘛荼毒的人进行赔偿。
依照藏传佛教一贯的德性，从他们家中还搜出大量人骨和人皮制品。程越把它们放在中书省门口任人参观。大都百姓看到后惊骇愤怒，一传十，十传百，参观的人潮始终络绎不绝。市井之中尽是咒骂抨击之声，红教的名望进一步遭到打击，大都的喇嘛如过街老鼠，不再受人尊重，反而汉人的释教和道教更加得到尊崇，慢慢夺回往日的信众。
大都被遗弃的女子第二天就明显变少，程越买下的铺面并没有住满。毕竟大多数人并不希望家丑外扬，女子和孩子留在家中为奴为婢都可以，赶出家门未免可惜。
张淑芳对被程越解救和先后来投奔的三千多名女子登记造册。将她们分成若干组，由程越带来的工匠教她们各种手艺，其中最主要的就是纺织羊绒和制造毛线。纺织业可以吸收大量人工。是最适合女子的职业之一。
二月十三日，乌讷尔从莲花寺清理出近六百具女子的尸身和一千余具婴儿的尸体，装棺后进大都绕了一圈，让大都百姓亲眼目睹喇嘛的残暴。
程越遂将整理出来的莲花寺罪状上奏忽必烈，请求诛杀一干人犯。
忽必烈不愿杀掉这么多喇嘛，将奏章直接发回。
程越当天即再上奏章。忽必烈再发回，程越又送。三次奏章言词一遍比一遍激烈，不达目的，坚决不肯罢休。
忽必烈非常为难，将程越的奏章发给朝中重臣询问。阿术、伯颜、安童、真金、姚枢、不忽木、窦默、郝桢、许衡等先后上表支持，大批受到喇嘛侮辱的大将和中下级官员也上书附议。
阿合马没有明确表态，但尚书省各部尚书、侍郎等上书他也不制止，尚书左丞张惠更是当廷赞同程越的奏章，震动朝野。
忽必烈收到雪片般飞来的上书，几乎全是一面倒地请求忽必烈诛杀喇嘛，连一向慈悲为怀的察必也力主严惩，南必和其他皇后、皇妃更是义愤填膺，忽必烈终于被说服。
二月十七日，忽必烈准了程越的奏章，消息传出，轰动大都，八思八正式上表请罪，被忽必烈慰留。百姓们敲锣打鼓，大都四面一片欢腾，前往镇南王府门口拜谢的百姓将街道都给堵住了。
程越当即立断，向真金请命后，下令第二天即处斩。
二月十八日清晨，中书省四门洞开，一千多名喇嘛被从几处大牢提出，由吕文焕、吕师夔、范文虎押解，浩浩荡荡地被押往钟鼓楼刑场。
大都百姓全城出动，蜂拥而至，将整个钟鼓楼的四条大道围得水泄不通，比过年还要热闹好几倍。
就在一个多月前，镇南王程越在这里当街割了八思八国师弟子的双耳，仅仅不过一个多月，当初被镇南王亲自送往莲花寺的活佛和八思八国师座下的几位活佛还有一千多名喇嘛全都要在此地被处死！这是何等的大快人心！
被押解的喇嘛们再不见了往日的风光，个个缩着脖子满脸的可怜相，有的喇嘛试图装出视死如归的样子，但面对死亡的恐惧不是轻易就可以掩盖的。
大都的百姓对被他们毫不客气，不顾喇嘛的哀号，争先恐后地用石头去砸他们，负责押解的军士也恍若未见，被打得昏死过去的比比皆是，用马拖着就走。
百姓们见无人制止，下手更狠，从中书省到钟鼓楼喇嘛们受伤无数，竟然还有几个喇嘛被活活打死！
喇嘛们被带到刑场，密密麻麻地跪满了几条街道，围观的百姓屏住呼吸，等着看这千载难逢的一幕。